A működési célú támogatásokról a 2006. évi XCVIII. törvény (Gyftv.) 41. §-a rendelkezik:
Olyan közforgalmú gyógyszertár, amely a település(rész) gyógyszerellátását kizárólag egyedül biztosítja, az alábbi feltételek teljesítése esetén az államtól a működőképesség fenntartásához működési célú támogatást igényelhet.
A működési célú támogatás igényléséhez szükséges:
1. Az alábbi kormányrendeletben meghatározott jogosultsági feltételeket igazoló hatósági bizonyítvány. Beszerezhető az egészségügyi államigazgatási szervtől. (ÁNTSZ megyei tiszti- főgyógyszerészétől)
2. A hatósági bizonyítvány iránti kérelmet (illetékbélyeggel ellátva – jelenleg 3000 Ft) a tárgynegyedévet követő harmadik hónap 20. napjáig kell benyújtani (aktuális év március 20-ig; június 20-ig; szeptember 20-ig; december 20-ig) az ÁNTSZ megyei tiszti- főgyógyszerészéhez, mely határidő jogvesztő.
3. Az ÁNTSZ megyei tisztifőgyógyszerésze a hatósági bizonyítványt tíz napon belül kiállítja.
Ezt követően a közforgalmú gyógyszertárat működtető vállalkozás a támogatást a tárgynegyedévet követő negyedik hónap első napjától (az aktuális év január 1-től; április 1-től; július 1-től; október 1-től) igényelheti az illetékes elsőfokú állami adóhatóságtól (NAV-tól).
A 134/1999. (VIII. 31.) Korm. rendelet 6/C. §-a értelmében a működési célú támogatás nyújtásának 2012-ben az alábbiak a feltételei:
- a közforgalmú gyógyszertárat működtető vállalkozás a működési célú támogatást az illetékes elsőfokú állami adóhatóságnál (NAV) kérelmezi,
- a gyógyszertár egy adott település vagy egy település közigazgatási egységéhez csatolt, de földrajzilag elkülönülő településrész gyógyszerellátását egyedül biztosítja,
- a tárgyévet megelőző év január 1-je és június 30-a közötti időszakban elszámolt gyógyszerforgalmi adataiból számított, közfinanszírozott gyógyszer forgalmazásából származó árréstömege nem haladja meg a 7,2 millió forintot, és
- legalább heti – fiókgyógyszertár üzemeltetése esetén a fiókgyógyszertár nyitvatartási idejét is figyelembe véve – 40 órában nyitva tart.